وقتی ما در بحث طرح بالقرآن صحبت می کنیم به عنوان روش مفاهیم این یعنی گذار از فاز اول به فاز دوم. یعنی تدوین روش لازم که دادههای فاز اول رو به شکل جامع و دقیق در کشف معانی و مفاهیم به کار بگیره. در تولید علم معانی به کار بگیره. این یعنی روش مفاهیم. بحث روش مفاهیم اینجاست. روش اگر تدوین شد به درستی، و تونست دادههای فاز اول رو به صورت جامع و دقیق به کار بگیره، علم لازم در فاز دوم تولید شده. چون تولید علم یعنی داده های کافی و لازم و روش دقیق و لازم. داده ها در روش، محصول ایجاد می کنند، محصول شون میشوند فاز دوم.